近日,雜誌PLoS One在線刊登了中科院昆明動物研究所研究人員的研究成果“Retinoid-Binding Proteins: Similar Protein Architectures Bind Similar Ligands via Compley Different Ways,”,文章中,研究者在類物質轉運蛋白結合機製差異研究中獲進展。
在進化過程中,相似的蛋白結構可以用*不同的方式結合相同的配體(ti) 。類轉運蛋白就是一個(ge) 很好的例子。雖然他們(men) 結合相似的配體(ti) (,),配體(ti) 的結合機製卻差別很大:在同一個(ge) 家族和細胞位置的蛋白中配體(ti) 結合方向相同;不同家族和細胞位置蛋白中配體(ti) 結合方向相反。
在FABP家族中,CRBPs和CRABPs的配體(ti) 都是β紫羅酮環指向轉脂蛋白疏水桶的內(nei) 部,而不飽和脂肪酸鏈指向溶液的方向。而在RBP家族RBP和ERABP蛋白中,配體(ti) 方向剛好相反。結構比對和序列比對發現,每個(ge) 蛋白的配體(ti) 連接位點非常保守。但是不同蛋白間配體(ti) 結合位置發生了改變,並且和配體(ti) 連接的氨基酸在不同蛋白中都不保守。
中科院昆明動物研究所黃京飛課題組張玉茹博士和趙玉琦博士運用生物信息學和分子動力學模擬的方法,詳盡解釋了這種生物學現象並進一步提出了類物質在生物體(ti) 內(nei) 可能的轉運模型。(
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