SNP的檢測知識

SNP的檢測知識：

    人類基因組中存在著廣泛的多態性，zui簡單的多態形式是發生在基因組中的單個(ge) 核苷酸的替代，即單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。SNP通常是一種二等位基因的（biallelic），即二態的遺傳(chuan) 變異，SNP的數量大、分布廣，在組成人類基因組的30億(yi) 個(ge) 堿基中，平均每000個(ge) 就有一個(ge) SNP。SNP作為(wei) 第三代遺傳(chuan) 標記，在複雜疾病的基因定位、關(guan) 聯分析、個(ge) 體(ti) 疾病易感性分析與(yu) 藥物基因組學(pharmacogenomics)的研究中發揮著愈來愈重要的作用。hth体育下载地址

.直接測序法進行SNP分析

    在所有SNP的檢測方法中，對欲檢測片段進行直接擴增、測序是zui為(wei) 準確的方法。通常情況下，純合型SNP位點的測序峰為(wei) 單一峰型，而雜合型SNP位點的測序峰為(wei) 套峰，因而很容易將其區分開來。通過直接測序方法進行SNP檢測的檢出率接近00%。

2. PCR-SSCP方法

    單鏈構象多態性分析（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一種簡單、地檢測DNA或RNA序列中點突變的技術，由於(yu) 實驗成本較低，也是一種目前較為(wei) 常用的方法。

檢測原理：

    單鏈DNA片段呈複雜的空間折疊構象，這種立體(ti) 結構主要是由其內(nei) 部堿基配對等分子內(nei) 相互作用力來維持的，當有一個(ge) 堿基發生改變時，會(hui) 或多或少地影響其空間構象，使構象發生改變，空間構象有差異的單鏈DNA分子在聚丙烯酰胺凝膠中受排阻大小不同。因此，通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)，可以非常敏銳地將構象上有差異的分子分離開。hth体育下载地址

需要注意的問題：

A．PCR-SSCP隻能作為(wei) 一種突變檢測方法，要zui後確定突變的位置和類型，還需進一步測序。

B．由於(yu) SSCP是依據點突變引起單鏈DNA分子立體(ti) 構象的改變來實現電泳分離的，這樣就可能會(hui) 出現當某些位置的點突變對單鏈DNA分子立體(ti) 構象的改變不起作用或作用很小時，再加上其他條件的影響，使聚丙烯酰胺凝膠電泳無法分辨造成漏檢。

C．經實驗證明小於(yu) 300bp的DNA片段中的單堿基突變，90%可被SSCP發現。hth体育下载地址